La estructura y funcionamiento del INIA están recogidos en el RD 1951/2000 de 1 de diciembre, por el que se aprueba el Estatuto del INIA, dependiente del Ministerio de Ciencia y Tecnología. Éste fue modificado por el RD 43/2003, de 7 de febrero, con el fin de adecuar dicha estructura a la supresión de la Oficina Española de Variedades Vegetales.
Posteriormente, mediante el RD 1553/2004 de 25 de junio, por el que se desarrolla la estructura orgánica básica del Ministerio de Educación y Ciencia, el INIA pasa a depender de este Ministerio, y posteriormente,
Mediante la Ley 30/2006, de 26 de julio, de semillas y plantas de vivero y de recursos fitogenéticos (BOE de 27 de julio de 2006), en su artículo 50, se establece que el Centro de Recursos Fitogenéticos del INIA tendrá carácter de Centro Nacional de Recursos Fitogenéticos, y así mismo, en esta misma Ley se establece que el Gobierno dotará de medios técnicos y humanos al Centro de Identificación de Variedades del INIA para actualizar el Registro de Variedades Vegetales.
El BOE de 29 de julio de 2006 publica la resolución del 22 de junio, por la que se establecen los precios públicos correspondientes a la realización de trabajos de carácter científico o de asesoramiento técnico a otras actividades del organismo. Y mediante Orden APA/1593/2006, publicada en el BOE de 26 de mayo, se crea y regula el Comité de Expertos de Fertilización en cuya composición incluye como vocal a un representante del INIA.
Medidas Antifraude
Es responsabilidad de todos identificar cualquier práctica que se aleje de un comportamiento ético en el uso de los fondos públicos. Por ello, cualquier persona que quiera notificar un hecho, circunstancia o cualquier tipo de comportamiento cuestionable que pueda considerarse como un incumplimiento de las normas (irregularidad) o una acción deliberada de fraude, puede hacerlo de manera anónima y sin trámite alguno, facilitando la información lo más precisa y detallada posible y aportando documentación si dispone de ella, a través del siguiente correo electrónico: secgen@inia.es
Los hechos deben ser descritos de forma objetiva, incluyendo si fuese posible, información comprobable, como por ejemplo: referencia del proyecto, importes, fechas, etc, debiendo indicar si se ha comunicado el hecho a otras autoridades. El tratamiento de los datos personales se ajustará a lo establecido en Ley Orgánica de Protección de Datos, Ley Orgánica 15/1999 de 13 de diciembre de Protección de Datos de Carácter Personal.