La estructura y funcionamiento del INIA están recogidos en el RD 1951/2000 de 1 de diciembre, por el que se aprueba el Estatuto del INIA, dependiente del Ministerio de Ciencia y Tecnología. Éste fue modificado por el RD 43/2003, de 7 de febrero, con el fin de adecuar dicha estructura a la supresión de la Oficina Española de Variedades Vegetales.
Posteriormente, mediante el RD 1553/2004 de 25 de junio, por el que se desarrolla la estructura orgánica básica del Ministerio de Educación y Ciencia, el INIA pasa a depender de este Ministerio, y posteriormente,
Mediante la Ley 30/2006, de 26 de julio, de semillas y plantas de vivero y de recursos fitogenéticos (BOE de 27 de julio de 2006), en su artículo 50, se establece que el Centro de Recursos Fitogenéticos del INIA tendrá carácter de Centro Nacional de Recursos Fitogenéticos, y así mismo, en esta misma Ley se establece que el Gobierno dotará de medios técnicos y humanos al Centro de Identificación de Variedades del INIA para actualizar el Registro de Variedades Vegetales.
El BOE de 29 de julio de 2006 publica la resolución del 22 de junio, por la que se establecen los precios públicos correspondientes a la realización de trabajos de carácter científico o de asesoramiento técnico a otras actividades del organismo. Y mediante Orden APA/1593/2006, publicada en el BOE de 26 de mayo, se crea y regula el Comité de Expertos de Fertilización en cuya composición incluye como vocal a un representante del INIA.
