La instalación de Alta Seguridad Biológica de 10.824 m2 incluye 40 laboratorios de nivel de contención biológica NCB3, 2 laboratorios NCB4 (OIE) y 1 animalario en la zona NCB3 constituido por 15 boxes de contención para grandes y pequeños animales, y 4 boxes NCB4 (OIE) adaptados para trabajos in vivo con zoonosis como Flavivirus, Bunyavirus, coronavirus, y virus que se transmiten por el aire como Fiebre Aftosa. En el interior, todas las superficies se encuentran revestidas de resinas especiales, que les proporciona aislamiento y protección. Todas las conducciones que atraviesan las paredes, suelos y techos están selladas de forma independiente. La comunicación con el exterior se realiza a través de sistemas de descontaminación de doble puerta air-locks, autoclaves de barrera y sistemas de barrera de descontaminación superficial.
El CISA se organiza en seis grupos de investigación. A través de proyectos de investigación y contratos de colaboración y de sus Laboratorios internacionales de referencia mantiene una colaboración intensa con Instituciones de más de 60 países de todos los continentes. A nivel nacional destacan las relaciones que mantiene con el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación, Centros del CSIC y Universidades.
Los grupos de investigación mantienen colaboraciones con Empresas del sector dirigidos principalmente a la evaluación de biológicos, estudios de eficacia de vacunas y desinfectantes, y desarrollo y validación de kits de diagnóstico, producción de antígenos para kits comerciales, etc.
