La Vicedirección Técnica desarrolla las siguientes funciones:
- Los estudios prospectivos sobre los avances y nuevas orientaciones de la investigación y el desarrollo tecnológico agrario y alimentario, así como sobre su organización y gestión.
- La elaboración, coordinación y gestión de los programas a cargo del Departamento, y la coordinación y el seguimiento de los programas que gestione el Instituto y de los proyectos de investigación y de conservación y utilización de recursos genéticos para la agricultura y la alimentación que se realicen a través de dichos programas, así como de los estudios realizados con aportación financiera de otros Ministerios u organismos, cuando le sean encomendados.
- El informe y, en su caso, propuesta de los asuntos que, en materia de investigación y desarrollo tecnológico agrario y alimentario y de conservación y utilización de recursos genéticos para la agricultura y la alimentación, se sometan al acuerdo de la Comisión Coordinadora de Investigación Agraria.
- La coordinación con otros sistemas de investigación y desarrollo agrarios y alimentarios y con los programas comunitarios e internacionales de investigación y tecnología agroalimentaria, sin perjuicio de las competencias atribuidas al Ministerio de Asuntos Exteriores y de Cooperación.