La microbiota juega un papel importante en la ganadería. Conocer su composición y funciones ayuda a determinar que tipo de microbiota es la más favorable para el sistema productivo en cuestión. La caracterización del microbioma también facilita reconocer como pueden modular algunos tratamientos los sistemas microbianos.
Se proporciona un análisis completo de la taxonomía microbiana presente en la muestra o muestras hasta nivel de especie y de las funciones génicas que componen. Se proporciona medidas de diversidad, y el efecto de los tratamientos del experimento sobre la composición microbiana.