Las actividades que desarrolla el INIA en investigación agroalimentaria y forestal en la Unión Europea se pueden enmarcar en dos grandes ejes: las relacionadas con los Programas Marco Horizonte 2020 y Horizonte Europa, y las relacionadas con la política científica en el ámbito de la investigación agroalimentaria, ya que el INIA ostenta la representación española en el Comité Permanente de Investigación Agraria de la UE (SCAR) y cuenta con representantes en todos sus grupos de trabajo estratégicos y colaborativos.